優(yōu)良豬種的持續(xù)選育改良是養(yǎng)豬生產(chǎn)可持續(xù)發(fā)展的源泉，基于重要經(jīng)濟(jì)性狀主效基因的分子育種技術(shù)成為現(xiàn)代種豬改良的核心手段之一。RYR1（Science, 1991, 253:448-51）、PRKAG3（Science, 2000, 288:1248-51）、IGF2（Nature, 2003, 425:832-836）等成熟的基因育種技術(shù)已成功應(yīng)用于國(guó)內(nèi)外種豬選育，在提高種豬生產(chǎn)效能、品質(zhì)，高效剔除遺傳疾患個(gè)體方面成效顯著。
江西農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地科研團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期圍繞種豬遺傳改良總體目標(biāo)，研發(fā)了包括抗K88仔豬腹瀉基因育種技術(shù)、多肋骨數(shù)基因育種技術(shù)、酸肉改良基因育種技術(shù)、健康脂肪酸基因育種技術(shù)等在內(nèi)的“省?好?快?多”育種新技術(shù)多項(xiàng)，并在國(guó)內(nèi)多家大型種豬企業(yè)推廣應(yīng)用，取得了良好的經(jīng)濟(jì)和社會(huì)效益。
近年來(lái)，基因組學(xué)的發(fā)展日新月異。2012年11月，豬高分辨率基因組草圖完成（Nature, 2012, 491:393-8），為因果基因的高效挖掘奠定了重要基礎(chǔ)。豬全基因組高密度SNP芯片的問(wèn)世和基因組重測(cè)序分析成本的不斷下降，使得在基因組水平高通量鑒別目的基因成為可能，同時(shí)為基因組選擇技術(shù)（Genomic Selection）在豬育種中實(shí)現(xiàn)提供了技術(shù)保障。
此外，應(yīng)用大規(guī)?；虮磉_(dá)譜定位eQTL和構(gòu)建基因網(wǎng)絡(luò)，揭示基因網(wǎng)絡(luò)中效應(yīng)較大的節(jié)點(diǎn)基因，同時(shí)，結(jié)合eQTL與全基因組關(guān)聯(lián)分析的合并分析，會(huì)極大地方便因果基因的搜尋。提高豬的轉(zhuǎn)基因技術(shù)效率，為品種快速引入優(yōu)勢(shì)基因或位點(diǎn)以創(chuàng)造高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的新品系是分子育種的另一種有效手段。
基因組選擇和大量因果突變位點(diǎn)在育種實(shí)踐中的應(yīng)用將成為未來(lái)主流趨勢(shì)，但難點(diǎn)在于基因組選擇需要構(gòu)建大群體的參考家系，特定種群的遺傳效應(yīng)難以代表所有商業(yè)品種（系）的遺傳背景；對(duì)于基因與環(huán)境互作效應(yīng)大、遺傳力低的經(jīng)濟(jì)性狀的選育，不管通過(guò)基因組選擇還是搜尋主效基因的策略都有一定的難度。未來(lái)的種豬遺傳育種應(yīng)結(jié)合數(shù)量遺傳評(píng)估技術(shù)，形成常規(guī)技術(shù)、分子技術(shù)、信息技術(shù)相結(jié)合的綜合新育種技術(shù)體系；建立適合種豬改良的育種方案，實(shí)現(xiàn)種豬改良理論和關(guān)鍵技術(shù)的新突破。
